對于注冊醫療器械公司來說與注冊普通行業公司是不一樣的，需要向當地食品藥品監督管理部門申請醫療器械經營企業許可證，一般來說需要辦理的流程如下：
流程一：創辦者需要到工商管理部門辦理企業名稱預先核準通知書。
流程二：注冊醫療器械公司需要去當地食品藥品監督管理局網站提交網上申請材料。
流程三：當創辦者網上材料審核通過后，當地的藥監部門就會預約查看經營場地。
流程四：創辦者提交書面的有關申請材料一旦審核通過后就會頒發醫療器械經營企業許可證。
流程五：創辦者開設驗資賬戶，股東們進行出資，會計事務所出具有關驗資的報告。
流程六：創辦者們辦理營業執照。
流程七：去街上刻章準備經營。
流程八：去有關部門辦理組織機構代碼證。
流程九：注冊醫療器械公司者去有關部門辦理稅務登記證。